The Passage konzentriert sich auf Project NOAH, eine geheime medizinische Einrichtung, in der Wissenschaftler mit einem gefährlichen Virus experimentieren, das zur Heilung aller Krankheiten führen könnte, aber auch das Potenzial birgt, die Menschheit auszulöschen. Als ein junges Mädchen als Testperson ausgewählt wird, erhält ein Bundesagent den Auftrag, sie zu bringen, doch letztendlich wird er zu ihrem Ersatzvater, der entschlossen ist, sie um jeden Preis zu beschützen – selbst als die Arbeit von Project NOAH droht, eine unvorstellbare Apokalypse auszulösen.