Basierend auf dem mit dem Pulitzer-Preis ausgezeichneten Buch "The Looming Tower" zeichnet die Serie die wachsende Bedrohung durch Osama bin Laden und Al-Qaida in den späten 1990er Jahren nach und beleuchtet, wie die Rivalität zwischen FBI und CIA in dieser Zeit unwissentlich den Weg für die Tragödie des 11. September ebnen könnte. Die Serie begleitet Mitglieder des I-49 Squad in New York und der Alec Station in Washington, D.C. – den jeweiligen Anti-Terror-Abteilungen des FBI und der CIA –, während sie um die Deutungshoheit über Informationen kämpfen und dabei scheinbar dasselbe Ziel verfolgen: einen bevorstehenden Angriff auf amerikanischem Boden zu verhindern.