"Mission T" ist ein Schattenkrieg von Spionen und Geheimdiensten, der geführt wird, um die Zerstörung der Welt zu verhindern. Die Geschichte folgt Botan Negoro, die seit ihrer Kindheit als Ninja trainiert hat und zu einer talentierten Spionin herangewachsen ist. Sie tut sich mit Kuruma zusammen, einem Spion mit einem Faible für Theatralik, für eine neue Mission, bei der die Welt auf dem Spiel steht: die Bergung des "Tesla-Kristalls", des "Erbes" des genialen serbisch-amerikanischen Erfinders Nikola Tesla. Doch andere Länder und ihre Agenten sind bereits dabei, sich den Tesla-Kristall zu sichern, und Botan und Kuruma müssen all ihren Verstand einsetzen, um sie auszutricksen.