Deutlich anders als die düsteren, gewalttätigen und finsteren MIRAGE-Comics, aus denen die Turtles stammen, ist diese Version des Franchises die am längsten laufende und einprägsamste von allen. Vier Schildkröten fallen in die Kanalisation und werden von Hamato Yoshi, einem Japaner, der nach New York geschickt wurde und gezwungen ist, in den Abwässern zu leben, angefreundet. Eines Tages sieht er ein seltsames grünes Leuchten, das die vier Schildkröten in menschenähnliche Wesen verwandelt. Hamato (jetzt Meister Splinter) verwandelt sich durch das grüne Leuchten in eine riesige Ratte und bringt den Schildkröten die Fähigkeiten der Ninja bei, während sie sich mit der Channel 6-Nachrichtenreporterin April O'Neil zusammenschließen, um gegen Yoshis Erzfeind Shredder und Krang, einen außerirdischen Kriegsherrn aus Dimension X, zu kämpfen.