Leo, Donnie, Raph und Mikey sind mutierte Schildkröten, die von ihrem Rattenmeister, Meister Splinter, in der Kunst des Ninjutsu ausgebildet wurden. Aus ihrem Abwasserversteck auftauchend, stellen sich die reptilischen Brüder der wundersamen Welt von New York City und treffen auf gefährlichere Bösewichte und köstlichere Pizzas, als sie sich jemals hätten vorstellen können. Durch Kämpfe gegen Shredder, die Kraang und jede Menge supermächtige Mutanten lernen die Turtles, auf sich selbst und einander zu vertrauen, während sie zu den Helden heranwachsen, die sie bestimmt sind zu sein.