Die Geschichte spielt tausend Jahre in der Zukunft in Japan. Fünf Kinder – die Protagonistin Saki, Satoru, Maria, Mamoru und Shun – sind in einer ruhigen Stadt geboren und aufgewachsen, die als Utopie beschrieben werden kann, überfließend von Wasser und grüner Vegetation. Nach einem bestimmten Vorfall erkennen Saki und die anderen die wahre Natur ihrer Welt. Die Fünf stürzen sich in lebensbedrohliche Abenteuer und Kämpfe, um Freunde und eine Welt am Rande des Zusammenbruchs zu schützen.