Das erstaunliche Abenteuer beginnt im mittleren 21. Jahrhundert, als die Menschheit ihre Unterwasser-Kolonisationsbemühungen ausweitet und ein fragiler Weltfrieden von den United Earth Oceans (UEO) durchgesetzt wird. Um die aufkeimenden Unterwasserkolonien vor unbekannten Gefahren und feindlichen Eindringlingen, die in den Tiefen von Erds letzter Grenze lauern, zu schützen, rekrutiert die UEO Captain Nathan Bridger (Roy Scheider), um das hochmoderne Kampfschiff seaQuest und seine vielfältige und eklektische Crew zu kommandieren.