Die Blaue Welt, die die Vernunft symbolisiert, wird ständig von Kreaturen namens Nightfly O'Note angegriffen, die aus der Roten Welt stammen und den Instinkt symbolisieren. Akira Asagi, die 17-jährige Protagonistin und Forscherin der Blauen Welt, wird nominiert, den Krieg bei Ryuukyuu LAG zu leiten, einer stolzen Verteidigungsanlage auf den Inseln Ishigaki und Iriomote. Dort trifft sie auf die sechste Kampfeinheit "IS", die vier Jahre nach einer heftigen Schlacht, die die fünfte Einheit vernichtete, gebildet wurde. Akari muss diese sechs Reiter, auch bekannt als Scared Rider Xechs, anführen, um gegen die andere Welt zu kämpfen und gleichzeitig die Beziehungen untereinander zu vertiefen.