1999 stürzt ein außerirdisches Schiff auf der Insel South Atalia ab. Die Menschheit weiß nun, dass sie im Weltall nicht allein ist. Zehn Jahre später ist das Schiff wieder aufgebaut und trägt den Namen SDF-1 Macross. Doch am Tag seines Starts trifft eine Spezies namens Zentraedi auf der Erde ein und beginnt den Krieg zwischen UN Spacy und den Zentraedi, der die Geschichte dieser beiden Spezies für immer verändert.