In einer Welt, in der die Zeit im Schneckentempo vergeht und das Blut des Nachbarn blau fließt, geht der 17-jährige Highschool-Schüler Ayato Kamina seinem Alltag in Tokyo Jupiter nach, ahnungslos gegenüber der Welt um ihn herum, da ihm beigebracht wurde, dass die gesamte Zivilisation außer Tokyo zerstört wurde. Doch all das ändert sich, als die mysteriöse Zivilisation "MU" in seine Heimat einfällt und Zerstörung in Form von seltsamen Monstern namens Dolems vom Himmel regnen lässt. Die folgenden Ereignisse führen Ayato zu der geheimnisvollen Frau Reika Mishima, zur Wahrheit ihrer Existenz, zur Entdeckung dessen, was und wer er ist, und zum mächtigen, engelhaften Roboter RahXephon.