Im Frühling, wenn die Kirschblütenblätter fallen, zieht Yū Narukami aufgrund familiärer Umstände zu seinem Onkel und seiner Cousine nach Yaso Inaba. Er wechselt an die Yasogami High School, wo sein ereignisreiches Schulleben beginnt. Doch als in der friedlichen Stadt eine Mordserie beginnt, erwacht in Yū die Kraft seines Herzens, die sich in physischer Form manifestiert: eine Persona. Inmitten dieser neuen Mysterien ist Marie, eine Bewohnerin der alternativen Welt, des Samtraums, die keine Erinnerungen an ihre Vergangenheit hat. Gemeinsam mit seinen Freunden muss Yū alle Rätsel lösen, die ihm gestellt werden, und Yaso Inaba vor weiterer Gewalt bewahren.