Im feudalen Japan werden die Bewohner von Edo von riesigen Insekten belagert, die das Land verwüsten. Die Menschen flehen die Regierung verzweifelt an, etwas dagegen zu unternehmen. So wird das Insekten-Magistrat-Amt gegründet, das starke Krieger versammelt, um sich gegen den Ansturm der Schädlinge zu verteidigen. Mushibugyou folgt Jinbee Tsukishima, einem jungen Mann, der danach strebt, ein Meister-Schwertkämpfer wie sein Vater zu werden. Um eine schreckliche Tat, die ihm anzulasten ist, zu sühnen, versucht Jinbee, den Platz seines Vaters als Mitglied des Insekten-Magistrat-Amtes einzunehmen. Auf seinem Weg dorthin trifft er die reizende Haru, eine junge Frau, die ihrer Familie hilft, das Teehaus zu führen, und wird gezwungen, sein Schwert gut einzusetzen, um sie vor einem grausamen Schicksal zu retten. Dieses tapfere Handeln bringt ihm einen Platz im Insekten-Magistrat ein. Wird dieser Anfänger-Schädlingsbekämpfer in der Lage sein, das Land von der wimmelnden Insektenhorde zu befreien?