C.E. 71: Mitten im Krieg zwischen den Naturals (OMNI) und den Koordinatoren (ZAFT) wird eine Einheit von ZAFT entsandt, um die neu entwickelten Mobile Suits der Erdallianz auf der neutralen Kolonie Heliopolis zu kapern. Der zivile Koordinator Kira Yamato besucht das technische Kolleg auf Heliopolis. Nachdem ZAFT 4 der 5 Mobile Suits gekapert hat, stolpert Kira über den letzten, Strike, und ist gezwungen, ihn zu steuern, um sein eigenes Leben und das seiner Freunde zu retten. Inmitten dieses Chaos trifft Kira auch seinen Kindheitsfreund, den Koordinator Athrun Zala, wieder, der sich ironischerweise als ZAFT-Soldat und einer der Entführer auf Heliopolis herausstellt. Mit der Kontrolle über Strike schließt sich Kira der Erdallianz an und geht an Bord des Schiffes Archangel, um seine Freunde zu beschützen, während er verzweifelt darüber ist, zum Feind seines Kindheitsfreundes und seines Volkes zu werden.