Im Jahr 2067, acht Jahre nach den Ereignissen in Macross Frontier, bedroht eine tödliche neue Krankheit, das "Var-Syndrom", die Galaxie. Die Tactical Music Unit "Walküre" schließt sich unter dem Schutz des Valkyrie "Delta Teams" zusammen, um dieser neuen Bedrohung entgegenzuwirken. Während eines Ausbruchs des Var-Syndroms wird die Walküre-Einheit plötzlich vom mysteriösen Valkyrie Team "Aerial Knight" aus dem Königreich des Windes angegriffen, dessen Motivation ein Rätsel bleibt...