Lamune erzählt die Geschichte eines Jungen namens Kenji und seiner Kindheitsfreundin Nanami. Obwohl jeder zu wissen scheint, dass sie eine besondere Beziehung haben, ist keiner von beiden entschlossen, diese über die einer engen Freundschaft hinaus zu vertiefen. Die Geschichte spielt mit Rückblenden und erklärt, warum sie so enge Freunde sind und warum keine Handlung sie auseinanderzubringen scheint, sondern sie nur noch näher zusammenbringt.