Kyle XY ist ein unglaubliches Geheimnis über einen Teenager ohne Vergangenheit. Die Serie erzählt die überraschende Reise von Kyle, einem 16-jährigen Teenager-Genie, dem instinktives menschliches Verhalten wie Wut, Freude und Liebe fehlt, und der Familie, die ihn gefunden hat. Nachdem er aus dem Wald kommt und in den Verkehr läuft, wird Kyle in ein Jugendgefängnis geschickt, wo er zum ersten Mal mit Essen und menschlicher Interaktion in Berührung kommt: nicht alles davon ist freundlich. Im Zentrum erkennen sie, dass Kyle nicht wie jeder gewöhnliche Teenager ist, besonders als sie feststellen, dass ihm der Bauchnabel fehlt. Mit Fragen wie „Wer ist dieses Kind?“ und „Woher kommt er?“ wird Psychologin Nicole Trager hinzugezogen, um einige dringend benötigte Antworten zu finden.