Kobato ist ein süßes, fröhliches, niedliches, aber naives Mädchen, das einen Vertrag hat: Um an einen bestimmten Ort zu gelangen, muss sie eine geheimnisvolle Flasche mit den "geheilten Herzen" der Menschen füllen. Die Einschränkung ist jedoch, dass sie dies vor dem Ende der vier Jahreszeiten schaffen muss. Während Kobato versucht, ihre Mission zu erfüllen, wird sie von Ioryogi begleitet, einem Geist in Form eines Hundestofftiers. Da Ioryogi für eine Strafe verantwortlich ist, die ihm und seinen Freunden aus der spirituellen Welt auferlegt wurde, muss er Kobato anleiten und sicherstellen, dass sie ihre Mission erfolgreich abschließt, damit er und seine Freunde in ihre wahren Formen zurückkehren können.