Die Geschichte von Kanokon dreht sich um Kouta Oyamada, einen jungen Schüler der ersten Jahrgangsstufe, der vom Land in die Stadt zieht und somit auf die Kunpo High School wechselt. An seinem ersten Tag an seiner neuen Schule bittet ihn eine wunderschöne Schülerin aus dem zweiten Jahr namens Chizuru Minamoto, sie allein im Musikraum zu treffen. Als er dort ankommt, enthüllt sie, dass sie in Wirklichkeit eine Fuchs-Gottheit ist, und von diesem Tag an verbringen die beiden ihre Zeit miteinander. Nozomu ist eine Schülerin der ersten Jahrgangsstufe an Koutas Schule, sie ist in Wirklichkeit eine Wolfs-Gottheit und in Kouta verliebt, und eine Rivalin von Chizuru um Koutas Zuneigung.