Im Jahr 1945 endete der Zweite Weltkrieg abrupt, als eine außerirdische Rasse auf der Erde erschien und begann, die menschliche Bevölkerung abzuschlachten. Wir schreiben das Jahr 1999 – 54 Jahre später kämpft die Menschheit immer noch ums Überleben gegen die außerirdischen Mächte. Die Erdstreitkräfte setzen nun fortschrittliche Mechs namens Humanoid Walking Tanks (HWTs) ein, um die Invasoren zu bekämpfen, doch während dieser Tortur sind viel zu viele Piloten im Einsatz gefallen. Infolgedessen werden nun Highschool-Schüler rekrutiert, um HWT-Piloten zu werden. Gunparade March folgt dem Leben des 5121. Plattoons, der gerade ein mysteriöses Mädchen namens Mai Shibamura in seine Reihen aufgenommen hat.