Major Motoko Kusanagi ist eine schöne, aber tödliche Cyborg, die als Squad-Leiterin von Sektion 9 fungiert – der geheimen Einheit der japanischen Regierung, die mit der Bekämpfung von Terrorismus und Cyberkrieg beauftragt ist. Umgeben von einem hervorragend ausgebildeten Team steht Motoko vor ihrer ultimativen Herausforderung – dem Laughing Man – einem Terroristen, der vor vielen Jahren einen Entführungs- und Erpressungsplan orchestrierte und plötzlich wieder aufgetaucht ist. Um die Identität dieses rätselhaften Verbrechers zu enthüllen, werden Motoko und Sektion 9 in ein tödliches Labyrinth gezogen, und sie müssen all ihre Expertise einsetzen, um zu überleben.