Im alternativen Japan des Jahres 1969 wird eine spezielle Gruppe von Teenagern im Rahmen einer geheimen Regierungoperation namens Aegis zusammengestellt, um einen Feind zu bekämpfen, der die Erde zu übernehmen versucht – einfach "Invader" genannt. Der Invader kann gewöhnliche Bürger unter seine Kontrolle bringen und in Zombies verwandeln. Nur die Aegis-Agenten, die Gate Keeper, besitzen die besondere Fähigkeit, das "Tor" zu öffnen, das die Dimension des Invaders von unserer trennt, und sie auszulöschen. Die Serie beginnt damit, dass der gewöhnliche Highschool-Schüler Ukiya Shun einen Angriff des Invaders miterlebt und schnell erkennt, dass er zu denen mit besonderen Kräften gehört, und daraufhin in Aegis aufgenommen wird. Jeder Agent verfügt über eine andere Fähigkeit und Angriffsmethode, von magischen Pfeilen bis hin zu halluzinogener Klaviermusik! Ebenfalls entscheidend für die Geschichte ist die junge Ruriko, ein erfahrenes Mitglied von Aegis, das hart arbeiten muss, um ihren Wert zu beweisen, nachdem der offensichtlich mächtige Shun dem Team beitritt.