Cowboy Bebop handelt von drei Kopfgeldjägern, auch "Cowboys" genannt, die alle versuchen, ihrer Vergangenheit zu entkommen. So unterschiedlich sie auch sind, so tödlich sind sie auch. Spike Spiegel, Jet Black und Faye Valentine bilden eine zusammengewürfelte, schnippische Crew, die bereit ist, die gefährlichsten Kriminellen des Sonnensystems zu jagen – zum richtigen Preis. Aber sie können sich nur aus so vielen Scharmützeln herausprügeln und herauswitze, bevor ihre Vergangenheit sie schließlich einholt.