Im Jahr 2016 kontaminiert eine Kernschmelze in einem Atomkraftwerk Tokio und zwingt die Regierung, ihre Bürger zur Evakuierung aufzufordern. 20 Jahre später ist Tokio aufgrund der hohen Strahlenwerte zu einer Geisterstadt geworden, und die Regierung hat den Zutritt für jedermann verboten. Als ein Notsignal aus der Gegend empfangen wird, entsendet die japanische Bodenselbstverteidigungsstreitkraft drei Mädchen der Spezialeinheit Coppelion, um die zerstörte Hauptstadt nach Überlebenden abzusuchen.