Komplikationen dreht sich um den desillusionierten Vorstadtarzt John Ellison, der, während er noch mit den emotionalen Folgen des Todes seiner Tochter zu kämpfen hat, unerwartet zum vigilanten Helden wird, als er in einen Drive-by-Shooting eingreift und das Leben eines jungen Jungen rettet. Als John erfährt, dass der Junge weiterhin zur Zielscheibe geworden ist, fühlt er sich gezwungen, ihn um jeden Preis zu retten. Auf dieser Reise muss er seine Moral kompromittieren und tut oft das Falsche aus den richtigen Gründen. Die Serie zeigt auch Gretchen, eine rücksichtslose, aber fähige Krankenschwester; Johns Frau Samantha, die, während sie versucht, ihren Mann zu unterstützen, mit ihren eigenen Problemen kämpft; und Johns kollegiale Mitarbeiterin Dr. Bridget O'Neill, die sich mit den Folgen seiner Handlungen auseinandersetzen muss.