Bei einem kleinen Prozentsatz von Jungen und Mädchen in der Pubertät treten besondere Fähigkeiten auf. Yū Otosaka nutzt seine Macht, ohne dass andere davon wissen, und führt ein ziemlich normales, durchschnittliches Schulleben. Vor ihm taucht plötzlich ein Mädchen auf, Nao Tomori. Durch seine Begegnung mit ihr wird das Schicksal von Nutzern besonderer Kräfte enthüllt.