Die Slice-of-Life-Kampfgeschichte spielt in einer Zukunft, die weder einen dritten Weltkrieg noch eine Alien-Invasion erlebt hat – nur eine gewöhnliche Zukunft nach unserem heutigen Zeitalter. In dieser Welt sind Roboter Teil des täglichen Lebens und tragen in verschiedenen Bereichen der Gesellschaft bei. „Shinki“ sind 15 Zentimeter große (etwa 6 Zoll) niedliche Partner, die dazu bestimmt sind, Menschen zu unterstützen. Ausgestattet mit Intelligenz und Emotionen widmen sie sich dem Dienst an ihren „Meistern“. Diese Shinki können sogar mit Waffen und Rüstungen ausgestattet werden, um gegeneinander zu kämpfen. Solche Shinki werden „Busou Shinki“ (wörtlich „bewaffnete göttliche Prinzessinnen“) genannt. Insbesondere die Shinki Ann (Arnval), Aines (Altines) und Lene (Altlene) dienen einem High-School-Erstklässler namens Masato. Die Dinge ändern sich, als eine neue Shinki, die kriegerische Strarf, zu ihnen stößt.