Batman Beyond erzählt die Geschichte von Terry McGinnis, einem ganz normalen Teenager... bis sein Vater auf mysteriöse Weise ermordet wird. Verdächtig, dass es in der Firma seines Vaters, der Wayne/Powers Corporation, nicht mit rechten Dingen zugeht, trifft Terry auf Bruce Wayne und erfährt von einer geheimen Identität, die jahrzehntelang verborgen war. Nun zu alt, um gegen das Unrecht zu kämpfen, ist Wayne ein verbitterter Schatten seiner selbst und weigert sich zu helfen. Also tut Terry, was jeder ungestüme junge Mensch tun würde: Er stiehlt den Batsuit und nimmt die Dinge selbst in die Hand! Geschworen, den Tod seines Vaters zu rächen, schlüpft Terry in den hochmodernen Anzug – ausgestattet mit Jetpacks zum Fliegen, einem supersensiblen Mikrofon zum Lauschen und sogar Tarnfähigkeiten – auf der Suche nach dem Mörder seines Vaters.