فتى صغير يدعى يوغي موتو يحل لغزاً مصرياً قديماً ويستدعي شخصية أخرى مظلمة وقوية. كلما تعرض هو وأصدقاؤه للتهديد من قبل الشر، تنطلق هذه الشخصية الأخرى من قيود لغز الألفية وتتحدى الأشرار في ألعاب الظل: مواقف حياة أو موت تختبر الطبيعة الحقيقية للبشر. أولئك الذين يخسرون أو يغشون يعانون من عقوبات وخيمة تؤدي إلى فقدان عقولهم أو حتى حياتهم. جنباً إلى جنب مع أصدقائه جوي، تريستان، تيا، وميهو؛ يواجه يوغي ونظيره المظلم أعداء مثل سيتو كايبا: البطل القاسي للعبة بطاقات وحوش المبارزة؛ وريو باكورا، الذي يمتلك خاتم الألفية الذي يحتوي على روح أكثر وحشية من يامي يوغي. هل سينجح يوغي وأصدقاؤه أم سيخسرون أرواحهم؟