ناروتو: شيبودن هو تكملة لسلسلة الرسوم المتحركة الأصلية ناروتو. تدور القصة حول أوزوماكي ناروتو الأكبر سناً والذي أصبح أكثر نضجاً قليلاً، ورحلته لإنقاذ صديقه أوتشيها ساسكي من قبضة الشينوبي الشبيهي بالأفعى، أورتشيمارو. بعد عامين ونصف، يعود ناروتو أخيراً إلى قريته كونوها، ويبدأ في تحقيق طموحاته، على الرغم من أن الأمر لن يكون سهلاً، حيث أنه قد جمع بعض الأعداء (الأكثر خطورة) مثل منظمة الشينوبي؛ أكاتسكي.
