Nehir, yaban hayat uzmanı ve televizyon kişiliği Emmet Cole'un hikayesini takip ediyor. Emmet, eşi Tess ve oğlu Lincoln ile birlikte, televizyonun en popüler programlarından biri haline gelecek olanı çekerken dünya çapında bir yolculuğa çıkıyor. Amazon'un derinliklerinde kaybolduktan sonra, ailesi, arkadaşları ve ekibi onu bulmak için gizemli ve ölümcül bir yolculuğa çıkıyor. Ünlü kaşif Dr. Emmet Cole, keşfedilmemiş Amazon'un derinliklerinde sihir aramaya çıktı ve bir daha geri dönmedi. Onun kayboluşuyla ilgili şok edici gerçek, bir yerlerde, keşfedilmeyi bekliyor. Doğal yaşam programını izleyerek büyüyen milyonlarca çocuk için Dr. Cole bir kahramandı. Ancak kendi oğlu Lincoln için o daha çok bir muammaydı. Şimdi, kaybolduğunun üzerinden altı ay geçtikten sonra, Lincoln nihayet geçmişi gömmeye hazırken, Dr. Cole'un acil durum sinyali aniden çalmaya başlıyor. Annesi Tess'in ısrarıyla Lincoln, isteksizce babasını bulmak için ona katılıyor. Kurtarma operasyonunu finanse etmek için, Dr. Cole'un gizemli eski yapımcısı Clark'ın misyonu belgesel tarzında çekmesine izin vermeyi kabul ediyorlar.