1999 yılında, bir uzay gemisi Güney Atalia Adası'na düşer. İnsanlar artık uzayda yalnız olmadıklarını öğrenirler. On yıl sonra gemi yeniden inşa edilir ve SDF-1 Macross adı verilir. Ancak, kalkış günü, Zentraedi adı verilen bir tür Dünya'ya gelir ve bu durum, UN Spacy ile Zentraedi arasındaki savaşı başlatarak bu iki türün tarihini sonsuza dek değiştirir.