Zamanın yavaş aktığı ve komşunun kanının mavi aktığı bir dünyada, 17 yaşındaki lise öğrencisi Ayato Kamina, Tokyo dışında tüm medeniyetin yok edildiği gerçeğiyle eğitilmiş olmasının verdiği kayıtsızlıkla Tokyo Jüpiter'deki günlük hayatına devam etmektedir. Ancak her şey, gizemli "MU" medeniyetinin evini istila edip gökten Dolems adı verilen garip canavarlar şeklinde yıkım yağdırmasıyla değişir. Sonrasında yaşanan olaylar Ayato'yu, gizemli kadın Reika Mishima'ya, varoluşlarının gerçeğine, ne ve kim olduğunu keşfetmeye ve güçlü melek robotu RahXephon'a götürecektir.