"Geçmişe bir hac yolculuğu yap benimle." Bu sözler, geçmişinden gelen ürkütücü bir melodiyle birlikte, profesyonel suikastçi Mireille Bouquet'i, amnezi hastası Japon okul kızı Kirika Yumura ile ortaklık kurmaya çeker. Kirika'nın içgüdüsel öldürme yetenekleri, Mireille'in kendi yetenekleriyle örtüşmektedir. Acımasız ve dikkatli düşmanlar tarafından takip edilen Kirika ve Mireille, Noir kod adıyla anılan bir ortaklık kurar ve geçmişlerinin gerçeklerini keşfetmek için bir yolculuğa çıkarlar; bu gerçekler, onları ölüme götürebilir.