Görünüşte sıradan bir Japon lise öğrencisi olan Shio Ogura, okul gezisi için Tayvan'ı ziyaret ederken aniden canavarlar tarafından saldırıya uğrar. Tarihi figürlerin ruhlarıyla aşılanmış silahlar kullanan, devlet kurumu DOGOO'dan "E-Gene Holders" olarak bilinen ajanlar da olay yerine gelir. Ancak tüm bunların ortasında, bir arkadaşını kurtarmaya çalışırken Oda Nobunaga'nın ruhu uyandığında Shio'nun da bir E-Gene Holder olduğu ortaya çıkar.