Ninja Senshi Tobikage, Joe Maya adında bir çocuğun hikayesini anlatır. Mars'ta yaşayan Joe, bir gün uzaylılar arasındaki bir savaşa tanık olur. Zaboom Gezegeni'nden gelenler, evreni fethetmeyi planlayan Zaboom İmparatoru'ndan kaçıp Mars'a acil iniş yapan Radorio Gezegeni prensesine saldırıyordur. Joe, prensesin gemisine tesadüfen biner ve bu olaylar zinciri onların hayatlarını değiştirecek bir dizi olayı başlatır. Joe ve arkadaşları, Zaboom İmparatoru ve ordularına karşı üç güçlü mekanik canavarı kullanır, ancak şansları onlardan yana pek değildir. Tüm umutlar tükenmiş gibi göründüğünde, gizemli bir ninja robotu olan Tobikage, yardım etmek için sanki yoktan var olur. Üç mekanik canavarla birleşebilme yeteneği, Tobikage'a eşsiz bir güç kazandırır ve onun yardımıyla Joe, Zaboom güçlerine karşı savaşır...