Yıl 2015 ve Dünya'nın nüfusunun yarısı, İkinci Darbe olarak adlandırılan felaketin kurbanı olarak ölü. Gizemli babasının çağrısına yanıt veren 14 yaşındaki Shinji Ikari, devasa bir "Melek" olarak tanımlanan yaratığın saldırdığı yeniden inşa edilmiş Yeni Tokyo-3 şehrine varıyor! Dev bir biyomekanik yapı olan Evangelion'un kokpitine zorla yerleştirilen Shinji, şehri saldırgan Melek'ten korumak ya da denemek için ölmek zorunda!