Kyle XY, geçmişi olmayan bir gencin inanılmaz gizemini anlatıyor. Dizi, öfke, sevinç ve aşk gibi içgüdüsel insan davranışlarından yoksun 16 yaşındaki dahi Kyle'ın ve onu bulan ailenin şaşırtıcı yolculuğunu konu alıyor. Ormandan çıktıktan sonra trafiğe yürürken bulunan Kyle, bir gençlik gözaltı merkezine gönderilir. Burada, yiyecek yemenin ve insan etkileşiminin ilk deneyimiyle tanışır: bunların hepsi dostane değildir. Merkezde, Kyle'ın sıradan bir gençten çok farklı olduğunu fark ederler, özellikle de karnında göbek deliği olmadığını öğrendiklerinde. "Bu çocuk kim?" ve "Nereden geldi?" soruları gündeme geldiğinde, psikolog Nicole Trager, gerekli yanıtları bulmak için çağrılır.