The Prisoner, kendisini açıklanamaz bir şekilde gizemli ve surreal bir yer olan Köy'de hapsolmuş bulan bir adam, Altı'nın hikayesini anlatıyor. Nasıl geldiğine dair hiçbir hatırası olmadan uyanan Altı, yeni çevresini çılgınca keşfederken, Köy sakinlerinin numara ile tanımlandığını, önceki bir varlıklarına dair hiçbir hatıralarının olmadığını ve sürekli gözetim altında olduklarını keşfeder. Köy, karizmatik ve kötü niyetli İki tarafından kontrol edilmektedir. Dizi boyunca, Altı ve İki zeka oyununda kilitlenmiş durumdadır; Altı, Köy'ün baskıcı doğasına meydan okurken, onun ardındaki gerçeği öğrenmeye çalışır.