Kotetsushin Jeeg'in hikayesi, orijinalinden elli yıl sonra geçiyor ve Jamada İmparatorluğu'nu yöneten Kraliçe Himika'nın Haniwa Hayalet Tanrıları'nın (veya kil robotların) aniden yeniden ortaya çıkışıyla savaşmak için Kotetsushin Jeeg olan lise öğrencisi ve motosiklet yarışçısı Kenji Kusanagi başta olmak üzere yeni bir karakter kadrosunu içeriyor.