Kobato, tatlı, neşeli, sevimli ama saf bir kızdır ve bir sözleşmesi vardır: belirli bir yere gitmek için insanların "iyileşmiş kalpleri" ile gizemli bir şişeyi doldurması gerekmektedir. Ancak kısıtlama, dört mevsim bitmeden bu işi tamamlaması gerektiğidir. Kobato, görevini yerine getirmeye çalışırken, ona bir köpek peluşu şeklindeki bir ruh olan Ioryogi eşlik eder. Ioryogi, kendisine ve ruhsal dünyadaki arkadaşlarına uygulanan bir cezanın sorumlusudur, bu yüzden Kobato'ya rehberlik etmeli ve onun görevini başarıyla tamamlamasını sağlamalıdır ki, o ve arkadaşları gerçek formlarına dönebilirsin.