Junjou Romantica, üç shonen-ai (erkek aşkı) çiftinin hayatlarını ve aşklarını takip eden bir anime. Hikayeler 3 gruba ayrılmıştır: Junjou Romantica, Junjou Egoist ve Junjou Terrorist. İlk çift Misaki ve Akihito'dur. Hikaye, Misaki'nin kardeşinin çocukluk arkadaşı Akihito ile yaşamak zorunda kalmasını anlatıyor. Akihito, Misaki'nin abisine tamamen aşık olduğu için, ondan istediği her şeyi yapmaya razıdır, hatta bu, onun aptal küçük kardeşiyle başa çıkmak zorunda kalması anlamına gelse bile. Ancak, Misaki'nin abisi evlendiğinde, Akihito kalp kırıklığıyla nasıl başa çıkacak? Hikaye, Misaki'nin Akihito'yu teselli etmesiyle devam ediyor, ama bazen teselli romantizme dönüşüyor. Ayrıca, Akihito'nun bir diğer çocukluk arkadaşı Hiroki de var, o da Akihito'ya çok aşık. Sorun şu ki, Akihito, Hiroki'yi sadece arkadaşlık olarak düşünmektedir. Neyse ki Hiroki, Nowaki ile tanışıyor. Nowaki...