Gilgamesh'in arka planını iki zıt güç arasındaki mücadele oluşturur. Bu güçlerden biri, Terumichi Madoka (daha çok Enkidu olarak bilinir) liderliğindeki Gilgamesh olarak bilinir, diğer taraf ise Kontes von Werdenberg ve onunla yaşayan üç Orga-Superior çocuğudur. Görünüş olarak Orga-Superiorlar insanlardan ayırt edilemez. Ancak, "Dynamis" adı verilen ve sadece zihinlerini kullanarak psişik enerji kullanmalarına ve nesneleri kontrol etmelerine olanak tanıyan özel bir güce sahiptirler. Gilgamesh'in ana teması taraf seçmektir.