Büyük Motoko Kusanagi, terörizm ve siber savaşla mücadele etmekle görevli Japon hükümetinin gizli birimi Bölüm 9'un takım lideri olan, güzel ama ölümcül bir sibernetik varlıktır. Uzman bir ekiple çevrili olan Motoko, nihai meydan okumasıyla karşı karşıya kalır: Gülümseyen Adam - yıllar önce bir kaçırma ve şantaj planı düzenleyen ve aniden yeniden ortaya çıkan bir terörist. Bu gizemli suçlunun kimliğini keşfetmek için Motoko ve Bölüm 9, ölümcül bir labirente çekilir ve hayatta kalmak için tüm uzmanlıklarını kullanmak zorunda kalacaklardır.