U potrazi za pravom ljubavlju, Kanako Mijame se upisuje u katoličku školu Ame no Kisaki, inspirisana pričom o tome kako su se njeni roditelji tamo zaljubili. Postoji samo jedna razlika: pošto Kanako dobija osip od muškaraca, ona je zapravo došla u školu samo za devojke da bi pronašla partnerku istog pola. Kada upozna prelepu Mariju Šidou, Kanako veruje da je pronašla tu posebnu osobu; međutim, Marija nije samo ono što se na prvi pogled čini – ispostavlja se da je Kanakoina prva ljubav zapravo dečak koji se oblači kao devojčica. Marija preti da će otkriti Kanakoine nečiste namere ako ona zadrži njegov pravi pol u tajnosti, a da bi stvari bile gore, on takođe zamenjuje njenu prvobitnu cimerku kako bi je sada držao na oku. Maria†Holic prati Kanako dok ona traži ljubav na pogrešnim mestima i traži devojku svojih snova – to jest, ako uspe da preživi kao Marijina cimerka!