У футуристичком универзуму, човечанство је водило рат против расе џинова познатих као Зентради. Суочено са истребљењем од стране својих непријатеља, човечанство је побегло у звезде. 2059. године нове ере, 25. флота за имиграцију џинова, позната и као Макрос Фронтир, креће на своје путовање ка центру галаксије. Углавном, живот на Макрос Фронтиру протиче нормално. Али када у посету дође позната певачица Шерил Ном, ствари крећу по злу. Појављују се мистериозни биомеханички ванземаљци познати као Вајра и нападају, баш када су грађани заузети вриштањем за Шерил. Седамнаестогодишњи студент и пилот мехова Алто Саотоме се придружује борби против ванземаљске претње. Док се бори против Вајре, Алто спасава младу девојку по имену Ранка Ли. Мајор Озма Ли примећује Алтову вештину током његове битке и регрутује га у програм Стратешких војних служби. Али његово регрутовање не протиче глатко, јер га духови Алтове прошлости прогоне.