Godine 2067, osam godina nakon događaja u Macross Frontier, smrtonosna nova bolest, "Var Sindrom", preti galaksiji. Taktička muzička jedinica, "Walkure", pod zaštitom Valkire "Delta Tima", udružuje se kako bi se borila protiv ove nove pretnje. Tokom izbijanja Var Sindroma, jedinicu Walkure iznenada napada misteriozni Valkira Tim "Aerial Knight" iz Kraljevstva Vetra, čija motivacija ostaje misterija...