«Трейнстоун» исследует историю происхождения и современные действия секретной программы ЦРУ под названием «Трейнстоун» — тайной операции, которая использует протокол модификации поведения, чтобы превратить своих агентов в почти неудержимых сверхчеловеческих убийц. Сериал рассказывает о спящих агентах по всему миру, которые таинственным образом «пробуждаются» для выполнения своих смертоносных миссий.