Сёгун разворачивается в Японии 1600 года, на заре гражданской войны, которая определит ход столетия. Лорд Ёсии Торанага борется за свою жизнь, когда его враги из Совета регентов объединяются против него, и в близлежащей рыбацкой деревне обнаруживают таинственный европейский корабль, потерпевший крушение.