Санктуарий рассказывает о приключениях прекрасной, загадочной и всегда удивляющей доктора Хелен Магнус, блестящего ученого, который хранит секреты тайного населения и группы странных и иногда пугающих существ, скрывающихся среди людей. Вместе со своим новым рекрутом, судебно-психиатром доктором Уиллом Циммерманом, своим эксцентричным технарем Генри и бесстрашной дочерью Эшли, Магнус стремится защитить эти угрожаемые феномены, а также разгадать тайны их существования.