В поисках настоящей любви Канако Миямаэ переводится в католическую школу Аме-но-Кисаки, вдохновленная тем, как ее родители познакомились и полюбили друг друга именно там. Однако есть одно существенное отличие: поскольку от мужчин у Канако появляется сыпь, она на самом деле пришла в школу для девочек, чтобы найти себе партнёршу того же пола. Когда она встречает прекрасную Марию Шидо, Канако уверена, что нашла ту самую особенную девушку; однако Мария оказывается не тем, кем кажется — оказывается, первая любовь Канако на самом деле — мальчик, переодевающийся в женскую одежду. Мария угрожает раскрыть «нечистые» намерения Канако, если та сохранит его истинный пол в тайне, а чтобы усугубить ситуацию, он также заменяет её первоначальную соседку по комнате, чтобы иметь возможность держать её под пристальным наблюдением. Maria†Holic рассказывает о Канако, которая ищет любовь не там, где следует, и мечтает о девушке своей мечты — конечно, если она сможет пережить соседство с Марией!